ある人の証言によると、あの大震災の津波で金華山が水没したかのように見えたという。その後どうなったかは知ることができませんでしたが、さすがに被害は大きかったようで、やはり千年に一度という威力には勝てなかったということでしょう。神社のシンボルである鳥居や青銅の常夜灯などが地震により倒壊してしまいました。

年間６万から７万人が訪れるという参拝客を取り戻そうと、関係者は復旧に努めていますが、島へのアクセスの拠点である鮎川、女川両港も津波で壊滅的な被害を受けたため、定期船の運航は再開のめどがたっていないという。３月11日の本震と４月７日の余震で、拝殿前に並ぶ高さ５ｍもある青銅製の常夜灯２基が破壊されてしまいました。

この常夜灯は、山形市の山寺、香川県琴平宮の灯籠とともに「日本三代灯籠」されているほど、由緒あるものですが、激しい揺れで半分に折れてしまいました。1894年建立の石鳥居も根元から倒壊したほか、石造りの構造物も被害がありました。また、桟橋から神社に続く急な坂道はいたるところで崖崩れが発生し、桟橋も地盤沈下により満潮時には冠水するというありさまです。