３月11日の東日本大震災では、展示していた「ゾウの骨格標本」の前足が折れたり、下顎の部分が落下しました。そのほかにも、天井のメッシュ状の金網が破損したり、排気ダストが崩落しかけるなどしたため、復旧工事にはかなりの時間が費やされました。その甲斐あって、今では破損個所がどこか解らないほど、きれいに修復されました。

休館中の６月には、プレ・オープニングイベント「るねっ・サイエンス」と題した震災復興プロジェクトを展開し、宇宙飛行士の山崎直子さんを招いて講演会を開催したり、実験や映像を駆使して学ぶ企画を実施して仙台市民や子供たちに科学の復興をアピールするなどの取り組みが行われ、科学ファンから大きな反響がありました。

７月17日に開幕した「夏の特別企画」では、視覚の不思議に挑戦する「３Ｄ」特別展が人気を呼んでいます。この企画のテーマは、「トリックアートと３Ｄ感覚展『見える』の不思議ミュージアム」です。家族で写真を撮って楽しめる「トリックアート」や「３Ｄ技術の体験を立体視する「立体視実感体験」。テレビでおなじみのさかなクンも登場します。